FLACからWAVにエンコードした音声がノイズだけのときは、

たぶんソースファイルの音声は24bit

24bitの音声のままAVIやMKVファイルにmuxしてるから、16bit音声しか扱えないソフトやシステムではノイズしか出てこない。
foobar2000なり他のソフトなりで、WAVファイルを24bitから16bitに落とす。

ちなみにAACにエンコードするときは、ソースが24bitWAVのまんまでも問題なくエンコードできる。
つかAACはbit深度自体にまで踏み込んで圧縮かけるので、RAW PCMのように一定のbit深度というものがないくさい。

久々にファイル変換してたら、世界は24bit音声の時代になってた。