VFRなMKVをMP4に変換するときにタイムコードでエラーがでるときは..
mkvextract.exeのストリームIDの指定が間違ってる。
× c:\hogeprog\mkvtoolnix\mkvextract.exe timecedes_v2 src.mkv 1:timecodes_track1.txt
ではなく
○ c:\hogeprog\mkvtoolnix\mkvextract.exe timecedes_v2 src.mkv 0:timecodes_track1.txt
が正解
DtsEdit.exeがどうやってもタイムコードを読み込んでくれず、『フレームが足りないため、timecode入力を停止しました』と表示されたときは、上記を確認。